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Shinichi Kudō reçoit une invitation pour la réception d’un célèbre architecte. Ran, son père et Conan s’y rendent. Quelques jours après cette fête, un appel à destination de Shin’ichi arrive en provenance d’un homme étrange masquant sa voix et menaçant de faire exploser plusieurs bombes. Avec le peu d’indices donnés, Conan devra retrouver toutes les bombes et démasquer le dangereux pyromane qui tentera de tuer les Détectives Junior et Ran.

Au cours de la même semaine, l’inspecteur Megure, Eri Kisaki et le professeur Agasa se font agresser. Une conclusion s’impose : on cherche à nuire à Kogorō Mori. Le suspect semble vouloir jouer avec lui, car chacune des personnes agressées a un lien avec l’une des 13 cartes de pique. Et l’as de pique ne désigne qu’une personne : Shin’ichi Kudō. Conan doit rapidement découvrir le coupable avant que la liste des victimes ne s’allonge…

L’insaisissable Kid, le prince des voleurs, tente de s’emparer de l’œuf Impérial de Russie, un trésor inestimable de la dynastie des Romanov. Mais il n’est pas le seul à vouloir s’en emparer… Un assassin connu sous le nom de Scorpion se trouve parmi les voyageurs à bord du même yacht que Conan… Ce dernier pourra-t-il protéger le joyau et mettre en échec le plan machiavélique du Scorpion ?…

Conan et ses amis, les Détectives Junior, sont les témoins du meurtre d’un policier, meurtre qui est suivi d’un autre. Tout porte à croire que le meurtrier est lui-même un membre de la police. Ran va être témoin d’une tentative de meurtre du criminel sur l’agent de police Satō. Traumatisée, elle perd la mémoire. Cependant, le criminel, pensant que Ran connaît son identité, tente de la faire taire…

Conan, Agasa, Ran, Sonoko, Kogorō et les Détectives Junior sont invités dans les tours Tokiwa, des tours faisant partie des plus grandes du Japon. Mais dans la nuit, quelqu’un est assassiné avec un mystérieux objet retrouvé près de son corps. Qui est l’assassin ? Pourquoi Ai se conduit-elle si bizarrement ? Que faisaient les hommes en noir près des tours ? Conan résoudra-t-il tout cela lors de la réception organisée aux tours ?

Kogorō, Ran, Conan, les Détectives Junior et Haibara sont invités à la soirée d’inauguration d’un jeu vidéo virtuel appelé “Cocoon”. Sonoko, dont le père a investi dans l’élaboration du jeu, est aussi présente. Alors que tous les enfants sont sur le point d’entrer dans les capsules qui permettent d’entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan…

Trois hommes réunis dans un temple de Tōkyō sont éliminés par une ombre noire, portant un masque, à l’aide d’un arc et d’une épée. Au même moment, à Õsaka et Kyōto, deux meurtres sont également commis. L’enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartenaient à un même groupe de voleurs appelé “Genjibotaru”, connu pour avoir dérobé divers objets et œuvres d’art…

Julie, une actrice de théâtre, reçoit une lettre de Kaitō Kid qui menace de lui voler un joyau. Cette dernière décide de se faire aider par Kogorō Mōri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce “Joséphine”, dont Julie est la vedette. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître car il se déguise en Shin’ichi. Alors que la pièce est bien entamée, le Kid essaye de s’échapper mais Conan le poursuit…

Un bateau percute un iceberg et son capitaine ainsi qu’un autre membre de l’équipage périssent dans le naufrage. Des années plus tard, à bord d’un luxueux yacht, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au gré d’une paisible croisière. Un évènement vient rapidement briser cette douce harmonie : Sonoko se fait attaquer, une passagère est assassinée et un autre disparaît…

Invité à mener une enquête, Kogorō se rend, en compagnie de Ran, Conan et les Détectives Junior, dans un tout nouveau parc d’attractions. Sonoko est aussi de la partie. On remet à chacun un pass pour toutes les activités sous la forme d’un bracelet électronique. Conan et Kogorō apprennent alors par le propriétaire du parc que leurs bracelets exploseront s’ils ne résolvent pas l’affaire dans le temps imparti.

Tous nos héros sont en vacances à Kōmijima. Des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au centre touristique… Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie… On raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan.

Une série de meurtres semble viser des musiciens. Toutes les victimes sont étudiants d’un conservatoire dirigé par un célèbre pianiste. Conan et les autres sont invités à l’ouverture de la salle de concert de ce pianiste. La tête d’affiche est une chanteuse à la voix prodigieuse accompagnée d’un violon Stradivarius. On tente de la tuer mais Conan lui sauve la vie in extremis. Lui et ses amis deviennent alors les nouvelles cibles…

La fête du Tanabata arrive bientôt. Kogorō Mōri est appelé pour assister à une réunion de la police au sujet de meurtres en série présentant plusieurs points communs, dont une tuile de mah-jong retrouvée sur les lieux des crimes. Mais ce qui semble à première vue être une affaire anodine prend une tout autre tournure lorsque Conan se rend compte qu’un membre de l’Organisation était présent à cette réunion.

Un groupe de bio-terroristes fait exploser un laboratoire et annonce s’être emparé d’une bactérie mortelle contre laquelle il n’y a aucun remède. La police du Japon est sur le qui-vive, mais Jirokichi Suzuki enrage : cette affaire vole la vedette à son nouveau plan pour capturer Kaitō Kid. Il appâte le voleur sur son dirigeable avec un bijou surmonté d’un lapis-lazuli, et convoque plusieurs journalistes.

Le gouverneur Asakura, réélu comme Gouverneur de Tōkyō, reçoit une mystérieuse lettre de menace. Le lendemain, le tunnel de la nouvelle ligne de métro qui doit être inaugurée, explose. Conan en entend parler par Kogorō, et arrive à prévenir les passagers du métro. Alors que la police a beaucoup de mal à trouver un suspect, une autre construction initiée par Asakura est menacée…

Un appel annonçant une future explosion parvient au bureau de Kogorō. Conan réussit à déchiffrer le code laissé par le responsable et à empêcher l’explosion. Mais le coupable annonce une deuxième explosion dont le nombre de cibles est, cette fois, bien plus important. Conan arrivera-t-il à empêcher l’explosion ?

Conan et son entourage participent à la découverte du navire Aegis appartenant aux Forces d’Autodéfense Maritime. Un bateau suspect crée un climat d’angoisse… ajouté à la découverte à bord de l’Aegis d’un bras humain non identifié. Le voyage continue mais Conan apprend qu’un intrus du nom de « X » a infiltré le navire. Un complot encore plus grand vient éclipser le mystère du bras.

Lors d’une visite d’inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d’un homme, tué d’une balle. Se lançant à la poursuite du tireur, Conan rencontre Masumi Sera qui lui sauve la vie. Après avoir éliminé plusieurs voitures de polices, le sniper se fait coincer par le FBI et Conan, mais l’explosion d’une voiture permet au meurtrier de s’enfuir.

Le célèbre « Vase avec cinq tournesols » de Van Gogh que l’on croyait disparu dans un incendie au Japon, réapparaît lors d’une vente aux enchères à New-York remportée par Jirokichi Suzuki. C’est alors que surgit Kaitō Kid ! Mais pourquoi le Kid, spécialiste en pierres précieuses, poursuit-il les Tournesols ? Quel secret renferment-ils ? Admirez le développement du premier mystère artistique de l’histoire !

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué par un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, Conan et ses amis trouvent une jolie jeune femme blessée et seule à l’aquarium de Tōto. Ces derniers décident alors de l’aider à retrouver la mémoire.

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes. L’incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l’intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L’identité et le but du terroriste sont inconnus…

Le nouvel établissement Edge of Ocean, situé dans la baie de Tōkyō, se prépare à accueillir un sommet important. Alors que plus de 22 000 policiers sont chargés de la sécurité du bâtiment, une grande explosion a lieu. Le détective Tōru Amuro, premier arrivé sur place, devient vite suspect aux yeux de Conan. Les empreintes trouvées sur les lieux correspondent à celles de Kogorō Mori…

On suit l’histoire de Shūichi Akai, agent du FBI, et de sa famille : Shūkichi Haneda, son jeune frère joueur professionnel de shōgi, Masumi Sera, sa sœur détective de profession, et sa mère, Mary Sera.
À l’approche des World Sports Games (WSG), le plus grand événement sportif du monde qui se déroulera cette année-là à Tōkyō, un vactrain (train à tubes à vide) est construit. Celui-ci pourra atteindre la vitesse incroyable de 1000 km/h. Cependant, une série d’événements mystérieux se produisent dans la ville et Conan, le fameux détective, soupçonne un lien entre l’organisation des Jeux et une série d’enlèvements survenue à Boston qu’il n’avait pas pu résoudre il y a quelques temps…

À Francfort, un agent d’Europol est poursuivi par Kir et Gin. Bien que Kir tente de l’aider à s’échapper, Gin finit par assassiner l’agent. Quelque temps plus tard, Conan, Ran, les Détectives Junior, Agasa et Kogorō sont invités à la station balnéaire de Hachijō-jima, qui appartient à la famille de Sonoko. Conan reçoit plus tard des informations de Subaru sur l’agent d’Europol qui a été assassiné et sur un nouvel agent de l’Organisation Noire, connu sous le nom de Pinga, qui se prépare à agir.